清代舊誌文獻提到超峯寺開基祖為紹光禪師（雍正紹光年間），另有一說，在南明永曆19年（1665）之後，就由當時的避難文人沈光文（明代的居士佛教）開基了，所建的個人潛心靜修的精舍，叫「普陀幻住庵」，也就是後來的「超峯寺」。

飛瓦傳說

當年要興建超峯寺時，便發生了所謂的『飛瓦絕技』的故事，至今仍流傳在鄉野間為人說稱奇。

轟轟烈烈似雷，棒喝交馳不暫停，迫得頂門開正眼，相逢原是本來人，自六祖惠能大師之後，禪宗一花開五葉，源遠流長各自崢嶸，又系出同源本無差別；超峯寺屬臨濟宗法脈，台南開化寺上義下敏禪師與徒上永下定法師始來駐寺，迄今上天下池住持師父，廣開法門普渡慈航，為弘揚佛法不遺餘力。

當年要興建超峯寺時，便發生了所謂的『飛瓦絕技』的故事，至今仍流傳在鄉野間為人說稱奇。